Na de middelbare school, studeerde Paul Scheepers piano (Staatsexamen 1976), Musicologie (1983, Utrecht), en Muziektheorie (1982, Koninklijk Conservatorium Den Haag). Sinds 1983 geeft les in Muziektheorie (hoofd- en bijvak) aan de conservatoria in Den Haag en Amsterdam. Ook was hij meer dan tien jaar docent Musicologie in Utrecht en geeft nu cursussen in Analyse aan de Nederlandse Strijkkwartet Academie.

De analysetechniek van Heinrich Schenker en zijn volgers, is waarschijnlijk de belangrijkste in Scheepers' muziektheorie. In zijn rol als docent aan het conservatorium heeft hij een groot interesse in de relatie tussen analyse en uitvoeringspraktijk; 'Muziektheorie in dienst van de musicus', is zijn motto.

Dit heeft geleid tot kamermuziekprojecten in Amsterdam en Den Haag, gecoacht door hoofdvakdocenten en docenten muziektheorie in nauw verband met het ensemble. Een veelbelovende vorm van kruisbestuiving tussen muziektheorie en praktijk, die door zowel studenten als docenten als vruchtbaar werd ervaren.