Jan Linkens geboren in Maastricht, ontving zijn Dansopleiding aan het Koninklijk Conservatorium in Den Haag. In 1977 werd hij geëngageerd door Het Nationale Ballet in Amsterdam en werkte daar 17 jaar als danser en choreograaf.
Hij maakte zijn eerste choreografie in 1979 voor de Workshop van Het Nationale Ballet en heeft inmiddels over de 60 balletten gecreëerd met verschillende gezelschappen in binnen en buitenland.

Zijn werken zijn opgevoerd in vele landen in Europa en Japan, Israël, Cuba, Filippijnen, Turkije en Brazilië. Hij won verschillende prijzen met zijn balletten waaronder de 1ste Prijs op de “14de Internationale Choreografie Competitie in Keulen/Duitsland. Hij was een van de prijswinnaars op de 1ste Internationale Choreografie Competitie in Tokyo/Japan in 1991. Zijn stuk “Nuevas Cruzes” werd genomineerd in de categorie “best choreography” voor de Benois de la Danse Prijs in 1997. “Compas” gecreëerd voor Danza Contemporànea de Cuba won de Premio Villanueva voor “Best Dance Production in Cuba” in 2003 en won de prijs van UNEAC, Cuba, in 2004.

Na zijn danscarrière was hij werkzaam als Artistieke Leider en Huischoreograaf van het Tanztheater der Komischen Oper in Berlijn, samen met Marc Jonkers. Daarna werkte hij als gastdocent en choreograaf bij vele gezelschappen en Opleidingen over de hele wereld. Van maart 2011 tot en met juli 2016 was Jan de artistieke intendant van het Internationaal Danstheater in Amsterdam.
Sinds 1 september 2014 is Jan directeur van de Dansvakopleiding van het Koninklijk Conservatorium in Den Haag.